La première partie du Rapport 2006 de l’OST est organisée autour de l'espace national de la recherche et de la technologie. Elle permet de mieux comprendre comment et pourquoi plus de trente-quatre milliards d'euros ont été, en 2003, dépensés par les institutions publiques et par les entreprises en recherche et développement.

La deuxième partie permet de comparer la dynamique de la R&D des régions françaises - dont cinq se partagent 70 % des dépenses de R&D - et de décrire leurs disparités, notamment dans leurs orientations de recherche.

La troisième partie est dédiée à l'espace européen de la recherche et de la technologie. Elle décrit l'évolution de l'Union européenne et situe les systèmes de R&D des vingt-cinq Etats membres les uns par rapport aux autres, en s'attachant à une comparaison directe de la France, de l'Allemagne et du Royaume-Uni.

La quatrième partie est consacrée à la dimension régionale de l'Union européenne. Elle décrit la dynamique comparée des vingt-cinq régions européennes les plus actives en R&D, y inclus plusieurs régions françaises.

Enfin,la dernière partie du Rapport 2006 permet d'esquisser, à grands traits, la carte mondiale de la recherche et du développement technologique et d'y mettre en lumière la dynamique de pays comme la Chine et la Corée du Sud.